המועצה המדעית רואה בתקופת מדעי היסוד הזדמנות מעולה לחשוף רופאות ורופאים צעירים בתחילת דרכם לתחום המחקר הרפואי, ולעודד אותם להמשיך לעסוק במחקר בקריירה הרפואית שלהם.
זו גם הסיבה שהמועצה מעניקה פרסים כספיים ותעודות הצטיינות לעבודות נבחרות שבוצעו במסגרת תקופת מדעי היסוד בהתמחות
ועדת הפרס שמינתה המועצה המדעית, תתכנס אחת לשנה, ותבחר עד 7 עבודות מצטיינות בשבע קטגוריות פרס שונות.